Durch die Säkularisation 1802 ist das Kloster Eggenfelden aus dem Besitz des Franziskanerordens genommen worden.
Im Jahre 1833 übernehmen Bürger der Stadt Eggenfelden und mit ihnen 15 andere Gemeinden den Unterhalt des Klosters und ermöglichen dadurch, dass wieder Franziskaner an diesem Ort wirken können.
Derzeit sind die Stadt Eggenfelden, die Marktgemeinden Arnstorf und Massing Eigentümer des ehem. Klosters.